咖啡是已知天然物質中組成成分最複雜的食物，科學家從咖啡生豆中分離出300多種化學物質，熟豆更高達800多種，其中包括許多酸性有機化合物，不但是咖啡酸香風味的來源，更是對健康有益的抗氧化物。
以有機中淺烘培咖啡浄化（灌腸）的排毒過程中、所使用的低溫中淺烘焙咖啡除了無毒的要求（保證無農藥、無任何污染）、還有幾個必要元素是非常重要的；
咖啡生豆在焙炒時，綠原酸會轉變成綠原酸內酯類。咖啡酸在溫和熱分解（228℃、15 分）下會分解成為四羥基 1,3-順-苯基茚滿及四羥基 1,3-反-苯基茚滿 (tetraoxygenated 1,3-trans-phenylindan) 聚合物，此類聚合物具有良好的抗氧化性。綠原酸水解會產生咖啡酸，在反應中經由熱脫羧作用中會產生重要的中間產物－4-乙烯兒茶酚
生豆經過烘焙後，抗氧化能力大增，比烘焙前的豆子更具修補細胞的能力，研究發現，豆子烘焙到10分鐘左右，咖啡去除自由基的能力最強，這時的咖啡還太酸澀、難以入口，至少要到12～15分鐘(220度C)再出爐較佳，屬於中淺烘焙,不論是沖泡飲用或是咖啡浄化（灌腸）此時保留最佳的營養成分!!
有機中淺烘培咖啡決定腸道及肝臟解毒的三大關鍵營養成分:
1.咖啡因比例含量：
（310～390mg/10g或2T)
為擴充膽管、刺激腸道蠕動動、消除水腫'的重要元素
適量的咖啡因亦可減輕肌肉疲勞，提高消耗熱量速率，提高胃液分泌促進消化。由於它會促進腎臟機能，有利尿作用，幫助體內將多餘的鈉離子排出體外。
阿拉比卡豆0.8-1.5%
羅布斯塔豆1.7-4.2%
2.綠原酸&香豆酸比例含量：（340～430mg/10g或2T)
經過烘焙後，綠原酸分解降解成奎寧酸（quinic acid）和咖啡酸，同樣具有抗氧化作用。
綠原酸進入體內，在肝臟代謝後，會轉變成『阿魏酸』。阿魏酸能預防血管內的血小板凝集，保持血流通暢。
香豆酸可以殺菌降低血脂
可以殺菌降低血脂，消炎降低血壓、降低腸道吸收糖分的能力、加快脂肪在體內的燃燒速度。
提昇GST活化機能的關鍵元素
3.咖啡多酚： （阿拉比卡豆含量較高）（390～450mg/10g或2T)
多酚類具有許多抗氧化功效如：抑菌、抗發炎、抑制動脈硬化及血栓症、延緩 LDL 氧化、降血壓、保護血管壁膠原蛋白與彈性纖維蛋白等效果，
另外協助腸道及肝臟解毒的其他重要元素
各種不同的功能：
1.綠原酸在生豆中約9.6%，深烘焙之後會減少一半。
2.咖啡醇和咖啡豆醇可以活化體內解毒酶加強肝臟解毒功能及有止痛效果。
3.日本研究咖啡可以提高脂聯素（胰島素增敏劑）具有抗發炎作用以免動脈硬化。
4種成分的藥理效果各自如下：
1.咖啡因抗發炎。
2.綠原酸抗氧化。
3.菸鹼酸保護血管壁，減少血中脂肪。
4. 5HMF刺激副交感神經，達到舒壓效果，並促進大腸蠕動。
目前已經成為醫藥品的咖啡成分與誘導體
- 日本的醫療品
- 咖啡因：消除睡意、改善倦怠感
- 菸鹼酸：1天20毫克 預防糙皮症(維生素B3 缺乏症)
1天>500毫克 治療高脂血症
- 菸鹼醯胺：1天20毫克 預防糙皮症(維生素B3 缺乏症)
- 呲嗪醯胺：治療肺結核
- 其他國家的醫療品
- 活性生物鹼：治療狹心症(心絞痛)和心肌梗塞—中國、台灣
- 阿西莫司：高脂血症—歐洲等30國
- HMF：鐮刀型貧血症—美國、奈及利亞
- 治療中的成分(2008年3月時)
- 咖啡因：癌症的治療輔助藥
- 咖啡因酒精(咖啡因+酒精)：腦梗塞
- 綠原酸：高血壓與飯後血糖值
- 阿昔呋喃：治療高脂血症
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